La Conferencia Episcopal de Costa Rica es el ente creador y de mayor jerarquía de la Universidad, sus integrantes constituyen la Asamblea General de la Fundación Universidad Católica de Costa Rica, quienes delegan su potestad de gobierno en la Junta Administrativa; constituyéndose ésta en la máxima autoridad de la Institución.

El Consejo Universitario es el órgano colegido representativo inmediato en Jerarquía a la Junta Administrativa de la Fundación Universidad Católica de Costa Rica y de naturaleza determinativa en materia académica dentro de la Universidad.

El Rector Magnífico es el Presidente de la Conferencia Episcopal de Costa Rica y es el vínculo entre la Iglesia y la Universidad Católica de Costa Rica.

El Rector es la máxima autoridad académica y administrativa.

Los Directores Generales constituyen el canal por el cual se ejerce la autoridad del Rector y por lo tanto funcional como sus colaboradores inmediatos.